مخمرها در محیط زیست بسیار شایع هستند  و اغلب در محیط های غنی از قند جدا می شوند . به طور معمول بر روی پوست میوه ها (مانند انگور ، سیب ، هلو ) جدا می شوند . بعضی هم در ارتباط با خاک ، گیاهان وحشرات هستند .

عملکرد زیست محیطی و تنوع زیستی مخمرها در مقایسه با میکروارگانیسم های دیگر تقریبا ناشناخته است . مخمرها از جمله Candida albicans  ، Rhodotorula rubra  ، Torulopsis  ، Trichosporon cutaneum  به عنوان بخشی از فلور نرمال پوست  در بین انگشتان دست یافت شده اند  . مخمرها در حال حاضر در فلور نرمال روده پستانداران وبرخی از حشرات حضور دارند وحتی محیط زیست اعماق دریا نیز میزبان مجموعه ای از مخمرهاست .